Поселение возникло после 1609 г. – разгрома восставших марийцев близ Кукарки, бежавших в наши глухие леса. Первоначально называлось Кокло-Кудо, Шопкер и входило сначала в приход села Архангельского, затем – с. Лебяжья. Первое упоминание о деревне Байсе – 1715 год, в ландратской переписи; в деревне насчитывалось  11 дворов.

            16 февраля 1760 г. починок посетил свияжский миссионер архиепископ Евмений, которого байсинцы просили разрешения на устройство «клети»  для хранения мертвых тел; позднее она была превращена в часовню. В апреле 1830 г. в Вятской духовной Консистории заведено дело «о назначении прихода» в «черемисском селении» Байсе, в трех дворах которого проживало 82 человека удельных крестьян.

            6 февраля 1836 г. Св. Синод выделил средства из капитала комиссии духовных училищ на строительство церкви в д. Байса. Деревянная церковь с одним престолом во имя св. Василия Великого построена в 1838 г. Храм освятил Преосвященный Неофит Епископ Вятский и Слободской. Из «клировых ведомостей» за середину XIX в.: «церковь зданием деревянная с таковою же над папертью колокольнею, снаружи обита тесом» (1865 г.), «церковь выкрашена желтой на масле краской, кругом обнесена деревянной, черной на масле окрашенной оградой»(1848 г.), «внутри выштукатурена и расписана в приличных местах живописью. Снаружи оштукатурена и выкрашена на масле желтою краскою» (1875 г.).

            Население нового прихода быстро росло (в 1848 г. оно составило 3460 человек) и вскоре встал вопрос о строительстве большого каменного храма. В 1864 началось строительство храма. 18 января 1865 г. байсинские служители написали прошение Вятскому владыке о разрешении им взять где-нибудь заем, чтобы закончить в лето 1865 г. здание кладкою (а заемы для церквей были запрещены). Заем им был разрешен «с процентными взносами». Заем быстро истощился, и 10 июня 1866 г. байсинские священнослужители просили Консисторию «о выдаче сборной книги на постройку церкви» (для сбора средств с прихожан). В 1865 г. все каменное здание окончено кладкой, выбелено снаружи, крыша покрыта железом, «но внутри устройства еще никакого нет».

В 1872 г. построена каменная колокольня «с проходом и 2 палатками, покрыта железом, выкрашена ярью на масле, стены снаружи и внутри выбелены». На одном из этажей звонницы строители выложили цифры «1864» - дату начала строительства храма. 23 ноября1878 г. в новом храме освящен правый придел во имя святителя Василия, в 1879 г. – левый во имя преподобного Сергия Радонежского.

            В 1867 г. для церкви с. Байса саратовской купчихой Татьяной Потаповой пожертвован самый большой колокол весом 256 пудов 10 фунтов. Из Саратова везли его на барже до пристани Цепочкино Уржумского уезда, а из Цепочкино до Байсы – на лошадях. Тарантас, на котором привезли колокол, был оставлен при церкви и бережно хранился в сарае до коллективизации. Шесть лет колокол висел на столбах около церкви, а после построения колокольни торжественно поднят на нее в день праздника Вознесения Господня.  

   В 1880 г. вновь переложен купол холодной церкви. На строительстве работал сам настоятель церкви о. Аполлоний Буевский, вложивший в маковицу креста на куполе в назидание потомкам табличку с такой надписью: «Маковицу сию работал своеручно настоятель Байсинской церкви благочинный священник Аполлоний Иоаннович Буевский октября 3-го дня 1880 года и он же сам возложил ее на шпиль холодного каменного храма».В 1895 г. установлен иконостас в холодном храме.        

Неизвестный байсинец в 1900 г. на страницах «Вятских губернских ведомостей» просто и ясно сказал о церкви своего села: «Церковь каменная, из лучших в уезде…»

            Утварью церковь была достаточна. На колокольне висело 19 колоколов, в самом храме до сих пор радуют глаз царские врата, сделанные из реечек, стеклянные дверцы, отгораживающие летний храм от зимнего, великолепная стенная живопись. При нем был подземный ход,

Особые достопримечательности: «стопа пресвятой Богородицы» в палатке церкви (отпечаток ступни в камне, который чудесным образом исцеляет от болезней ног).

Ближайшие церкви: с. Лебяжья – в 20 верстах,

                                                             с. Архангельского – в 23 верстах,

                                                             с. Буйского – в 10 верстах.

с.Лажа-в 20 верстах

с.Окунево- в 20 верстах     

 По сведениям Вятского статистического комитета, в 1874 году в селе стояло  43 деревянных дома, в которых проживало  216 жителей. Отмечалось, что они «собственных промыслов и занятий никаких не имеют». Кроме деревянной церкви и одноклассного образцового училища, в селе было  3 питейных заведения       . В селе с  1896 г. действовала церковно-приходская школа, в приходе – две древние часовни (в селе и д. Изиморка).

            Осенью через село проходило два крестных хода из г. Вятки со св. иконами. В 1911 г. незадолго до Пасхи в Байсу прибыл из г. Казани Чудотворный образ Смоленской Божией Матери; после торжественной службы 7 апреля образ был пронесен не только по всем деревням, но и по всем дворам Байсинского прихода и затем ушел обратно в Казань. Епископ Вятский и Слободской посещал приход в 1895, 1900 и 1914 г.г. В 1900 г. он присоединил к православию несколько старообрядцев и лютеранку Софию Карловну Бинкервальд, уроженку Австрии, жену Лебяжского купца И. Г. Сазанова.

            В 1910 г. в Байсинском приходе насчитывалось 37 селений с населением: православных русских – 4997, крещеных  марийцев – 2910, язычников - марийцев – 20 и старообрядцев – 279 человек. Из описания прихода за 1910 г.: «село расположено в низменной, очень красивой, даже живописной местности. Около села тянется большой Бушковский лес, из которого протекает небольшая речка Газговойка. Более же значительная река Байса, впадающая в реку Вятку, находится в 5 верстах от села… Главное занятие прихожан земледелие, а некоторые прихожане занимаются садоводством и пчеловодством. Многие из прихожан ходят на заработки, главным образом в Пермскую губернию и Сибирь, где плотничают и столярничают».

            При открытии церкви причт состоял из священника, диакона и псаломщика, с 1861 г. открылся второй штат (2 священника и 2 псаломщика). С 1914 г. должность диакона была заменена третьим священником. Священники с. Байса получали пособие от Государственной казны – 111 руб. в год. В 1937-1939 гг штат состоял из двух священников и псаломщика.     

Первые священники: о. Николай Петрович Сушков – с 25 февраля 1838 г., в том же году переведен в с. Кукнур; Козьма Романович Попов – с 26 декабря 1838 г., в августе 1840 г. переведен в с. Чудиновское Орловского уезда.

В XIX ст. в церкви с. Байсы служили такие замечательные лица как: о. Лаврентий Бехтерев (1849 – 1878 г., в 1866 написал поучения для  марийцев на их родном языке), благочинный о. Аполлоний Буевский (1878 – 1888), отец-миссионер Феодор Тихвинский (1888 – 1905, занимался просвещением старообрядцев, впоследствии – настоятель Троицкого собора г. Уржума и депутат Государственной Думы), благочинный о. Иаков Редников (1879 – 1899 г.г., учредил библиотеку для духовенства и пособие для вдов и сирот духовного звания в  своём округе).

   В начале ХХ в. В с. Байса служили о. Николай Сырнев (почил в 1923 г.), о. Михаил Редников (репрессирован в 1920-е гг.), о. Василий Домрачев     (отец героя Советского Союза Александра Домрачева). Три последних священника, служившие до первого закрытия храма, были репрессированы: о. Григорий Шабруков (1937 г.) о. Симеон Балезин ( 12 мая 1938 года особым совещанием при НКВД СССР за то, что «в течении ряда лет 1933-1937 года высказывал своё недовольство мероприятиями, проводимые партией и Советской властью, распространял клевету на Советскую власть», осуждён по ст.58 пп 10, 11 УК РСФСР на 5 лет ссылки,а 14 октября того же года расстрелян), о. Иоанн Толчин (1940 г.).

В 1918 г. вся усадебная земля Байсинской церкви новой властью «зачислена в запасной Госфонд», а церковные дома и амбары заняты под учреждения и склады. В 1921 году один из колоколов был отобран для пожарного отделения в деревне Посенур, откуда в 1993 г. он был отдан для новой лебяжской церкви (расплавился при пожаре в 2001 г.). Причт в 1920-е годы уклоняется в обновленческий раскол в котором пребывал до самого закрытия церкви, в церковь назначаются новые священники из Уфы и Подмосковья. В 1935 г. с нее сброшены колокола.

            Закрытие церкви произошло по инициативе председателя Байсинского сельсовета Дудорова И.Г. Ещё 9 октября 1939 года в секретариате Президиума Верховного Совета рассматривалась жалоба Байсинских верующих «на препятствие со стороны председателя Байсинского сельсовета в отправлении религиозных обрядов». Точнее говоря, она и не рассматривалась, а была отослана обратно в Кировскую область.

            Спустя год Дудоров всё же добился своего, и решением Исполнительного комитета Кировского областного совета д.т. за №1481 от 12 сентября 1940 года церковь была закрыта, несмотря на существующую 20-ку и идущий ремонт. Верующим Дудоров объяснил, что о закрытии церкви ходатайствовало 3 сельсовета (Байсинский, Изиморский и Адовский), но как писали верующие в жалобе прокурору области «подобного никто не видал и не слыхал. Верующих даже и не спросили, а он читает, что их просьба удовлетворена…» Потому община верующих наотрез отказалась сдать церковь. 23 и 24 сентября 1940 года Дудоров в сопровождении милиции, без предъявления документов, произвёл обыск в церкви. «Всё то, до чего не коснулась милиция,- писали верующие,- они отобрали, заперли и ключ унесли в сельсовет. Составили акт на то, чего взяли, только для себя…». Эта жалоба датированая 9 октября 1940 года стала первой в череде прошений и ходатайств об открытии церкви в Байсе, которые из высших инстанций отсылались обратно в область без рассмотрения. 23 декабря 1941 года в жалобе Калинину верующие сообщали о состоянии церкви: «церковь наша в целости и кресты все целые, изнутри – целая. Церковные вещи отобрали, увезли в Уржумский район». Иконами топили печи клуба, а из раки Дудоров сделал себе кровать, но крест гонителям сбросить не удалось.

            В декабре 1942 года от прокурора Кировской области пришло разрешение на открытие церкви, но районные власти упорно тянули с этим вопросом – не давали открыть, но и не отказывали, пока 12 мая 1944 года не пришёл официальный отказ из облисполкома – «так как здание приспособлено для хранение государственного зерна». Незадолго до этого 30 сентября 1943 года верующие собрали подписи от 3346 человек (из них 2781 от Лебяжского района) в пользу открытия церкви и послали их Калинину. В этом вопросе запротестовал Уржумский райсовет – почему церковь находится на территории Уржумского района, а ходатайствуют о её открытии жители Лебяжского района?

            Наконец, 12 марта 1945 года Совет по делам РПЦ при Совнаркоме Союза ССР прислал уведомление т.Мошкову, Уполномоченному по делам Церкви по Кировской области, в котором указывалось то что «здание церкви необходимо для хранения зерна, не может служить достаточным мотивом к отклонению ходатайства верующих, после чего просим вторично обсудить заявление верующих и дать свои соображения  ».

            В том заявлении верующие писали такие слова: «…Верующие ждут открытия церкви с.Байсы и потеряли или теряют надежду на то, что Байсинская церковь будет открыта. Уже некоторые говорят, что свободной религии нет, религия запрещена и потеряли надежду в святой Синод…»

            И всё же в начале 1945 года вопрос был решён в пользу открытия церкви в с.Байсе. Сельские власти сообщали новому уполномоченному т.Новикову: «Байсинский сельский совет по согласованности с Буйским райисполкомом не возражает об открытии церкви в с.Байса. Церковь в настоящее время свободна. Для глубинки загот. зерно сельсовет предоставляет два склада, кроме помещения холодной церкви до 1 марта 1945 года .Помещение холодной церкви используется под глубинкой. Помещение тёплой церкви предоставляем, если разрешит Облисполком».

            3 января 1945 года тому же Новикову была дана характеристика технического состояния церкви: «…Здание церкви находится в удовлетворительном состоянии и требует незначительного ремонта (покраска, побелка и др. мелкие работы), что может быть выполнено силами общины, церковного оборудования и инвентаря нет. В течение последних пяти лет здание было занято под склады глубинного пункта загот. зерно»..

В 1945 г.  Васильевская церковь все же открылась т.к. « верующие хлопотали до слёз», и частично восстановлена. Настенную роспись подновлял лебяжский иконописец Ф. В. Шаромов, хотел он поправить и крест на куполе, но не смог. При вновь открывшемся храме возникла «девятка» во главе которой стала церковная староста Елизавета Розальская (отошла ко Господу 11 августа 1957 г.).

Первым священником вновь открывшегося храма стал о. Анатолий Малиновский, рукоположенный в сан священника к Васильевской церкви 21 марта 1948 г. и служивший в ней до 1955 г. с годичным перерывом – временно служил в церкви с. Илгань.20 декабря1955 г. согласно поданному прошению переведен настоятелем к церкви с. Рождественского Уржумского района.

В 1956 г. в Байсу на служение прибыли     о. Петр Марамзин и диакон Матвей Лихачев (служили ранее в с. Лебяжье и Окунево), служившие до закрытия храма. На службах им помогал послушник Никодим Каменских-впоследствии диакон Троицкого собора г.Уржума.

   Вторую попытку закрытия  церкви в с. Байса правление колхоза Байсинского сельсовета предприняло 3 августа 1960 г., обратившись в районный исполком с просьбой передать здание церкви под мастерские для ремонта сельскохозяйственной техники, тот в свою очередь запросил об этом облисполком, но, очевидно, он получил отказ..

19 мая 1963 г. Васильевская церковь была закрыта второй раз, в чем особенное рвение проявили председатель Байсинского сельсовета Зыков А. П., председатель колхоза Домнин И. В. и участковый милиционер Репин. Прямо во время богослужения с церкви был спилен и сброшен крест. Позднее церковная утварь растащена или уничтожена.         Рассказывают, как председатель сельсовета Зыков А.П. рубил топором иконы и кидал в горящую печь. Подойдя к сброшенному кресту, он с досады пнул его и выругался – он думал, что крест-то золотой.

             Тем же летом Зыков А. П. был снят с должности за «распитие церковного вина» и присвоение себе денег за сданный церковный воск. о. Петр и о. Матвей уехали на служение в г. Нолинск. В теплом храме разместился склад сельпо, а в холодном – склад колхоза им. Калинина.

В 1990 г. в Кировской епархии зарегистрирована община Байсинской церкви. Старостой был избран Н. М. Климов, житель с. Байсы. Весной1991 г., в праздник Вознесения Господня, храм вновь был освящен, началась его реставрация, длящаяся до сих пор. Летом, 1992 г. на холодном храме вновь засиял железный крест, спиленный в 1963 г.           О том, как начиналось возрождение прихода в с.Байса описывал в 1990 году на страницах газеты «Кировская искра» В.А. Ветлужских:       

            -Посмотреть на церковь хочешь, подожди, у нас сейчас обед. Скоро придут люди и откроют храм. – сказала мне женщина.

            Действительно, минут через десять подошёл мужчина.

            -Николай Михайлович Климов. - назвался он. – Вот работаем здесь, в порядок церковь приводим. Пройди, посмотри.

            Зайдя в холодный храм я очень удивился – как много можно сделать при желании.

            -Предание у нас есть, что художнику, который расписал церковь изнутри, общество заплатило пуд золота. – рассказывает Н.М. Климов.

            -А ведь хорошо сохранились росписи, - говорю я.

            -Это сейчас видно их хорошо, а вот ещё свет если будет, то совсем другое дело. Раньше-то, бывало, люстры зажгут – так, ох, как красиво в церкви. Но ведь что только не было в церкви, всё это было закопчено и запылёно. Когда отмывали стены, не одну пожарную машину воды истратили. Зато сейчас вид другой.

            И то верно, вид совсем другой. Сохранился иконостас, кое-какая церковная утварь. Легче будет прихожанам восстанавливать храм.

            -Сейчас работаем каждый день здесь. Приходят все, кто может. Конечно в основном пожилые люди. Работаем с восьми и до пяти. На обед сходим – снова на работу. Остекляем окна. В холодной церкви уже первый ярус окон полностью заменён. Сейчас стеклим рамы для купола. Восемь рам туда нужно установить. Вот специальные леса соорудили. Вот тут нам молодёжь помогает, пожилым на такой высоте несподручно работать. – продолжает Николай Михайлович.

            Рассказывал мне Н.М. Климов и о том, что жители села на идею восстановить храм откликнулись. В короткое время было собрано десять тысяч рублей. Жива ещё вера в людях, а значит, есть надежда, что одним действующим храмом в районе станет больше. Пусть так оно и будет».